يُعد قسم العمليات في مشفى الرقة الوطني من الأقسام الحيوية التي تقدم خدمات جراحية متنوعة وشاملة للأهالي على مدار الساعة، حيث يضم القسم أربع غرف عمليات، قاعة إنعاش، وغرفة تعقيم أدوات، ويُجري يومياً بين 25 إلى 35 عملية جراحية، تشمل العمليات الإسعافية والعادية.
تشمل الخدمات الجراحية في القسم: (الجراحة العامة _ العصبية _ الأذنية _ العظمية).
ورغم الزيادة الكبيرة في عدد العمليات نتيجة استقبال النازحين من منطقة الشهباء، يعاني القسم من نقص في الكوادر الطبية وبعض المستلزمات والأدوات الجراحية، إلا أن الكادر الطبي والتمريضي يعمل بكل طاقته على مدار 24 ساعة لتلبية احتياجات المرضى وضمان استمرارية تقديم الخدمات.