يقوم قسم العمليات ضمن مشفى الرقة الوطني، على إجراء العمليات الجراحية المحولة من قسمي الإسعاف والعيادات الخارجية وعيادات الأطباء، بالإضافة إلى استقبال حالات من خارج مدينة الرقة مثل (كوباني _ منبج _ دير الزور _ الحسكة).
يُجري القسم العديد من العمليات وهي (الجراحة العامة _ بولية _ أذنية _ عظمية _ تجميلية _ عصبية)، بقدرة استيعابية تصل لما يقارب الـ 25 إلى 30 عمل جراحي بشكل يومي.
حيث تم في الآونة الأخيرة إجراء عدة عمليات نوعية مثل (تثبيت فقرات _ ديسك قطني _ فتح بطن _ إيثاق كاحل مع تطويل _ تبديل مفصل).
هذا ويتألف القسم من أربع غرف مجهزة بمعدات طبية، وكادر مختص من أطباء وفنيي تخدير وتمريض، بالإضافة لقاعة إنعاش.