يعمل قسم التنظير الهضمي في مشفى الرقة الوطني، على تقديم كافة الخدمات الطبية للأهالي المراجعين، حيث يتركز عمل القسم على معاينة الأشخاص الذين يعانون من أمراض في الجهاز الهضمي، من (المري _ المعدة _ الكولون _ الأمعاء الدقيقة _ الكبد _ البنكرياس _ الطرق الصفراوية)، حيث تم مؤخراً توفير جهاز تنظير هضمي علوي لخدمة المرضى.