يقوم قسم العمليات ضمن مشفى الرقة الوطني، على إجراء العمليات الجراحية المحولة من قسمي الإسعاف والعيادات الخارجية وعيادات الأطباء، بالإضافة إلى استقبال حالات من خارج مدينة الرقة مثل (كوباني _ منبج _ دير الزور _ الحسكة).
يُجري القسم العديد من العمليات وهي (الجراحة العامة _ بولية _ أذنية _ عظمية _ تجميلية _ عصبية)، بقدرة استيعابية تصل لما يقارب الـ 25 إلى 30 عمل جراحي بشكل يومي.
هذا ويتألف القسم من أربع غرف مجهزة بمعدات طبية، وكادر مختص من أطباء وفنيي تخدير وتمريض، بالإضافة لقاعة إنعاش.