يعمل قسم المخبر البيئي والذي هو عبارة عن ثلاث وحدات (مياه _ هواء _ تربة)، على مراقبة مياه نهر الفرات وأقنية الري والمياه الجوفية (الآبار) ومياه الصرف الصحي، كما يجري التحاليل اللازمة للتربة الزراعية، بالإضافة لمراقبة الهواء.
حيث تقسم أنواع التحاليل الموجودة ضمن المخبر إلى ٣ تحاليل وهي (فيزيائية _ كيميائية _ جرثومية)، أما تحاليل التربة فتقسم إلى تحليل (فيزيائي _ كيميائي)، أما مراقبة الهواء فتتم عن طريق جهاز محمول، كما يحتوي المخبر على أجهزة محمولة لقياس درجة الضجيج والغازات والأشعة.