يتألف مشفى الأطفال في مدينة الرقة من 7 أقسام رئيسية وهي: (عيادات خارجية _ مخبر _ صيدلية _ جناح أطفال _ إسعاف _ قسم عمليات _ جناح عزل وحواضن)، حيث تستقبل العيادات الخارجية ما يقارب الـ ٢٠٠ طفل يومياً، بينما يستقبل قسم الإسعاف من 8٠ إلى ١٠٠ طفل يومياً كحالات إسعافية، كما يتألف جناح العزل من ١٠٥ أَسِرة و٣٠ حاضنة و٨ أَسِرة عناية، ويوجد قسم عمليات للأطفال، يتم فيه بمعدل ٤ عمليات يومياً، بالإضافة لوجود كادر طبي تخصصي يعمل ليلاً نهاراً وعلى مدار الـ ٢٤ ساعة.