يعمل قسم العمليات في مشفى الرقة الوطني على تقديم الخدمات الطبية للأهالي وذلك بإجراء العديد من العمليات الجراحية (عامة _ بولية _ عصبية _ عظمية) والتي يصل عددها لقرابة 30 إلى 40 عملية خلال اليوم، بوجود طاقم طبي مختص.
حيث قامت لجنة الصحة في مجلس الرقة المدني مؤخراً على إنشاء غرفة عمليات رابعة بهدف تخفيف العبء على باقي الغرف.