يعمل قسم الداخلية في مشفى الرقة الوطني على استقبال جميع المرضى الذين يعانون من أمراض الكلى والهضمية والصدرية والقلبية وأمراض الدم، حيث يتم تحويلهم من قبل قسم الإسعاف والعيادات الخارجية إلى قسم الداخلية لإجراء العلاج اللازم.
حيث يضم القسم ١٤ غرفة مجهزةً طبياً وفنياً و٤٠ سريراً، بالإضافة إلى كادر طبي وتمريضي يشمل كافة الاختصاصات، يعمل على مدار الساعة لخدمة أهالي مدينة الرقة وريفها.